Promjene se dijagnosticiraju kliničkim pregledom anogenitalne regije. Metode liječenja koje primjenjujemo mogu biti destruktivne (ekskohleacija, krioterapija, elektrokauterizacija) kojima prethodi primjena lokalnog anestetika ili se mogu ordinirati imunomodulatorni pripravci. Postupak liječenja se ponavlja u više navrata, te se istim uklanjaju vidljive promjene na koži i sluznicama čime nastojimo onemogućiti širenje promjena, te smanjiti rizik infekcije partnera oboljele osobe.
Genitalne infekcije HPV-om imaju sklonost recidivima i postupak liječenja može biti dugotrajan. Dokazano je i da su određeni tipovi HPV virusa povezani s nastankom zloćudnih bolesti (rak vrata maternice). Novije studije upućuju na povezanost HPV infekcije i karcinoma muškog genitalnog sustava.
Inkubacija HPV-a je relativno duga i traje od 2 do 9 mjeseci, ponekad i dulje. Stoga zaražene osobe, u periodu inkubacije, mogu biti latentni izvor zaraze što otežava praćenje i otkrivanje izvora infekcije.